Faça o login in e va até WHM -> Tweak Settings -> PHP
Selecione e clique em salvar.
Mais uma vez ir para Tweak Settings -> PHP e selecione Ioncube e clique em Salvar.
Isto deve resolver o problema.
ou logue no terminal e execute
/scripts/phpextensionmgr install IonCubeLoader http://forums.cpanel.net/f5/requires-ioncube-php-loader-ioncube_loader_lin_5-2-so-installed-website-operator-370721.html http://www.softaculous.com/board/index.php?tid=1757&title=requires_the_ionCube_PHP_Loader_ioncube_loader_lin_5.2.so_to_be_installed_by_the_site_administrator.